
Para los años 80 la crisis económica se complicó; en 1982 el peso mexicano se devalúo en un 400% frente al dólar. Los movimientos estudiantiles más fuertes se fueron extendiendo a los espacios rurales básicamente en las normales, aún cuando la Universidad de Chapingo, la de Guerrero y Puebla mantenían de alguna manera al movimiento estudiantil.
Para 1986 en la UNAM bajo el mando del rector Jorge Carpizo en plena època de modernización y reconversión industrial, bajo la administración de Miguel de la Madrid Hurtado y se impuso un modelo económico sustentado por el grupo de tecnócratas, se intentó dar inicio a una serie de reformas que respondían a nuevas políticas económicas.
La UNAM estalló en huelga con el Consejo Estudiantil Universitario (CEU) como estructura de organización; el pliego petitorio fue: a) la derogación de las reformas del 11 y 12 de septiembre aprobadas en sesión del Consejo Universitario, y b) la realización de un congreso general universitario, donde se impulsara una reforma democrática e integral de la UNAM. La huelga duró 21 días (del 29 de enero al 18 de febrero), se logró la derogación de las reformas y se pactó un congreso que finalmente se realizó cuatro años después, en 1990 donde las autoridades lo mediatizaron por medio del control de los delegados. El resultado fue más que desastroso: nada se pudo modificar y las ley órganica que data de 1945 se mantuvo sin cambios, debido princpalmente a la votación general que en nada favorecia los vientos de cambio. El congreso universitario se perdió y una vez más el movimiento estudiantil sufrió un grave revés.
Para 1988 algunos dirigentes del CEU se unieron a la lucha de Cuauhtémoc Cárdenas por la vía electoral.
En las universidades del resto del país se empezaron a llevar a cabo diversas reformas que en la UNAM no habían pasado. Las universidades de Guerrero, Chapingo, Puebla y Sonora fueron de las pocas que presentaron resistencia, las normales rurales desaparecieron y para el año 2000 solo había 5 de 37 normales rurales, el movimiento del magisterio dio vitalidad al movimiento estudiantil para los 90 en su democratización del SNTE (Sindicato Nacional de Trabajadores de la Educación), en la CNTE (Coordinadora Nacional de Trabajadores de la Educación); todas las luchas estudiantiles desde Chapingo, Puebla, Guerrero y Coahuila, entre otras, fueron movimientos aislados. En 1994 con el ingreso al plano nacional del EZLN el movimiento estudiantil se recupera.
En la Universidad Autónoma de Chiapas se crean comités de apoyo, en Guerrero ya existían comités de lucha, herencia de la Asociación Cívica de Genaro Vázquez que durante los 80 e inicios de los 90 sufrieron la guerra de baja intensidad, en la UNAM el CEU estudiantil forma comités de apoyo al EZLN, mientras grupos de las JC se ligan a la Federación de Estudiantes Socialistas de Guerrero que en la sierra enfrenta al ejército.